19 июля 2010 года президентом Республики Башкортостан стал Хамитов Рустэм Закиевич.
Летом 2010 года Президент Республики Башкортостан Рустэм Хамитов заявил о необходимости создания в Уфе команды уровня Премьер-лиги. Планировалось назвать команду «Сармат», но против этого выступил лично Президент республики. В итоге выбор остановился на названии «Уфа»
23 декабря 2010 года ФК «Башинформсвязь-Динамо» (выступавший во втором дивизионе ПФЛ в 2009—2010 годах) был преобразован в ФК «Уфа». Команде была поставлена цель попасть в Первый Дивизион. Для решения поставленных задач в Уфу на должность тренера был приглашён Андрей Канчельскис, первоначально также было объявлено, что должность тренера-консультанта займёт Анатолий Бышовец, но впоследствии он от официальной должности отказался.
Первый сезон
Первый официальный матч обновлённый клуб сыграл в рамках кубка Росси против клуба «Сызрань-2003». Победитель определился лишь в серии пенальти, где удачливее оказались представители Самарской области (3:4 по пен.). Дебют же в первенстве России состоялся 24 апреля 2011 года. На своём поле, со счётом 3:1, была обыграна команда «Тюмень».
18 мая 2012 года по соглашению сторон был расторгнут контракт с генеральным директором ФК «Уфа» Алексеем Ощепковым и главным тренером Андреем Канчельскисом. 20 мая в матче против «Химика» Дзержинск командой руководил Андрей Малай. 21 мая временно исполняющим обязанности генерального директора стал Шамиль Газизов, главным тренером — Игорь Колыванов.
По итогам сезона, клуб занял второе место, уступив Нефтехимику место в ФНЛ, только за счет поражения в личной встрече.
Выход в ФНЛ
2 июля 2012 на внеочередном заседании общего собрания ФНЛ футбольный клуб «Уфа» был принят в ФНЛ не по спортивному принципу. В своем дебютном сезоне команда заняла 6 место, став лучшим новичком ФНЛ. В межсезонье команду покинули основной голкипер команды Евгений Кобозев, перешедший в «Терек», капитан команды Михаил Попов в «СКА-Энергию» и лучший бомбардир Михаил Маркосов.
Выход в Премьер лигу
По итогам сезона 2013—2014 команда заняла 4 место и вышла в стыковые матчи с «Томью». Первый матч, состоявшийся 18 мая 2014 года, закончился со счетом 5:1, покер оформил Дмитрий Голубов, ещё один мяч на счету Вильяма. В ответной встрече 22 мая 2014 года в Томске "Томь победила 3:1, что позволило «Уфе» впервые в своей истории подняться в Премьер-лигу. Вся Республика гудела и не могла поверить,что в Башкортостане появился достойный футбольный клуб,который сможет представить Республику в РФПЛ. По итогам первого сезона в премьер-лиге «Уфа» заняла 12 место, что позволило команде сохранить место в дивизионе. В следующем сезоне Игорь Колыванов попытался перестроить игру команды с обороны на атаку, но осенью 2015 года был отправлен в отставку. Его место занял Евгений Перевертайло. Поначалу смена тренера помогла команде, но из-за потери основного вратаря в зимнее трансферное окно и из-за проигрыша двух ключевых весенних матчей команда опустилась на 15 место. Перед последним туром Перевертайло самовольно ушёл в отставку, объясняя это тем, что смена тренера должна помочь команде. И. о. главного тренера был назначен Сергей Томаров, начинавший сезон главным тренером молодёжной команды «Уфы», после чего был помощником Перевертайло. В последнем туре "Уфа " обыграла "Спартак «со счётом 3:1. Эта победа позволила избежать стыковых матчей.
