13 июня 1999 года #Вильярреал в матче 37-го тура Примеры, в первой игре под руководством Пакито, разгромил #Расинг (3-0). Голы забили #Георге Крайовяну и дважды Мануэль Альфаро. Так Подводники прервали ужасную серию из 14 матчей без побед (5 ничьих и 9 поражений, 7 из которых подряд); в матчах с Эспаньолом и Атлетико Вильярреал упускал победу, ведя 2-0. Кстати, тренировал Расинг в том матче Рафаэль Бенитес, а на поле выходили Сергей Шустиков, Владимир Бесчастных и будущий Подводник Олоф Мельберг.

Хосе Ирулеги, легендарный для Вильярреала тренер, в сезоне 1996-97 вытащил команду из подвала Сегунды в середину; в сезоне 1997-98 – впервые в истории вывел Подводников в Примеру; в сезоне 1998-99 прекрасно начал в Примере: первый круг и начало второго Вильярреал провёл очень сильно. Однако после легендарной февральской победы в дерби над мощной Валенсией что-то сломалось, и началась та самая серия.

Подводники в итоге вылетели: в 38-м туре случилась ничья с Эстремадурой (2-2), когда Виляьрреал вновь упустил преимущество в 2 мяча, а в стыковых матчах Подводники дважды уступили сегундовской Севилье, хотя пятью месяцами ранее эффектно выбили её из Кубка Испании.

А Пакито затем ещё трижды возглавлял в Вильярреал. В сезоне 1999-00, после того как в 7 стартовых турах Подводники победили лишь дважды, был уволен Хоакин Капаррос, Пакито принял команду и сходу вывел её в Примеру, заняв при этом рекордное для команды 2-е место.

В начале сезона Пакито вновь возглавил Вильярреал, но лишь на одну игру – пока клуб, уволивший Виктора Муньоса, не назначил Бенито Флоро. Четвёртый приход случился в феврале 2004-го, когда Флоро подал в отставку; Пакито руководил Вильярреалом и с блеском вывел команду в 1/2 Кубка УЕФА – это была красивейшая история. Пакито – легенда Жёлтой Субмарины!