Поначалу все складывалось удачно, но 21 ноября 2001 года грянул гром: допинг-тест, взятый у Хосепа после матча с «Пьяченцей» дал положительный результат на наличие в крови нандролона. Футболист получил четыре месяца дисквалификации и семь месяцев тюрьмы, которых к счастью удалось избежать. Столь суровое наказание объяснялось допинговым скандалом, разразившемся в Италии вокруг велоспорта, и футболисты тоже вполне подходили для показательных мер. Кроме Гвардиолы на допинге в то время попались Фернанду Коуту, Эдгар Давидс, Яап Стам. Разница была только в том, что эти известные личности отбыли сроки дисквалификации и забыли. Пеп же был не из таких. Его не смущала необходимость долгих судебных разбирательств. «Итальянское правосудие не может взглянуть мне в глаза», - говорил Гвардиола. Вместе со своим адвокатом он пытался доказать, что происхождение нандролона в организме естественное и в конце концов это ему удалось. Лишь осенью 2007-го апелляционный суд Брешии снял с Гвардиолы все обвинения. Доброе имя каталонца было восстановлено.